Como todos os cnidários, o corpo das medusas é basicamente um saco com simetria radial formado por duas camadas de células - a epiderme, no exterior, e a gastroderme no interior - com uma massa gelatinosa entre elas, chamada mesogleia e aberto para o exterior. A forma pode variar desde um disco achatado até uma campânula quase fechada; na margem livre deste disco, que pode ser lisa, fendida ou ondulada, as medusas ostentam coroas de tentáculos com células urticantes, os cnidócitos, capazes de ejectar um minúsculo espinho que contém uma toxina, o nematocisto. Em algumas medusas, principalmente nos Scyphozoa, onde são mais desenvolvidas, a boca, chamada arquêntero, está munida de tentáculos, também com células urticantes e, por vezes, um véu chamado manúbrio As medusas usam estes "aparelhos" não só para se defenderem dos predadores, mas também para imobilizarem uma presa, como um pequeno peixe, para se alimentarem. O corpo das medusas é formado por 95-99% de água.
Em geral, as picadas das medusas, principalmente da classe Scyphozoa não são fatais, a não ser que a pessoa seja especialmente vulnerável à peçonha. No entanto, as da classe Cubozoa, como a tristemente famosa “irukandji”, podem sê-lo. Em qualquer caso, quando se verifica o ataque de uma pessoa por medusas, devem ministrar-se imediatamente os primeiros socorros.
A primeira medida é tirar a pessoa atacada da água, para evitar o afogamento. Se a pessoa apresentar sintomas de choque anafilático, deve procurar-se ajuda especializada, sem demora. Caso o paciente esteja apenas dolorido, as medidas incluem a remoção de todos os tentáculos, seus restos, ou de cnidócitos da sua pele, por exemplo, aplicando creme de barbear e raspando a área afetada com uma lâmina ou cartão de crédito.
A aplicação de vinagre (ou de uma solução aquosa de ácido acético de 3 a 10%) pode ajudar, mesmo em picadas graves. Em casos de picadas nos ou perto dos olhos, o vinagre pode ser aplicado à volta com uma toalha. Água salgada também pode ser usada, caso o vinagre não esteja disponível. Caso o ataque tenha ocorrido em água salgada, não se deve utilizar água doce, pois mudanças da tonicidade[10] podem causar a liberação de mais peçonha. O mesmo efeito negativo também pode ser causado ao se esfregar o local afetado, ou pelo uso de álcool, amónia ou urina .
Como todos os cnidários, as medusas têm nos tentáculos células urticantes chamadas cnidócitos que produzem os nematocistos, os túbulos urticantes. Quando uma presa entra em contacto com um tentáculo, centenas ou milhares de nematocistos são ejectados sobre a presa, paralisando-a. Com os tentáculos, o animal leva a presa para a "boca" - o arquêntero - por onde entra na cavidade central - o celêntero - para ser digerida.
Algumas medusas albergam zooxantelas, algas simbiontes que lhes fornecem energia - mas apenas na presença da luz e, por isso, as medusas realizam migrações para aproveitar o máximo da luz solar.
Estes animais não têm um verdadeiro sistema digestivo, nem sistema excretor - são as células da gastroderme que executam essas funções. A troca de fluidos e gases é efectuada através da expansão e redução do celêntero, realizada por células musculares na parede do corpo, que assim promovem a entrada e saída de água, para além do seu próprio movimento na água. Por esta razão, diz-se que as medusas têm um "esqueleto hidrostático".
Apesar das cnidas, a maioria das medusas não são perigosas para o homem. Ao contrário do que se pensa, a perigosa garrafa azul (Physalia), não é uma medusa, mas uma colónia de pólipos da classe Hydrozoa
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